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Pfam summary | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | Protein of unknown function (DUF1670) | The hypothetical eukaryotic proteins found in this family are of unknown function. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clan | CL0123 (HTH) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| The clan contains the following members: PF04218(CENP-B_N); PF01381(HTH_3); PF02954(HTH_8); PF04760(IF2_N); PF00249(Myb_DNA-binding); PF01399(PCI); PF03399(SAC3_GANP); PF04542(Sigma70_r2); PF04545(Sigma70_r4); PF00440(TetR_N); PF00486(Trans_reg_C); PF01316(Arg_repressor); PF04182(B-block_TFIIIC); PF00325(Crp); PF01978(TrmB); PF02001(DUF134); PF02650(DUF199); PF01638(DUF24); PF03444(DUF293); PF04079(DUF387); PF02319(E2F_TDP); PF03789(ELK); PF00178(Ets); PF04703(FaeA); PF02742(Fe_dep_repr_C); PF01325(Fe_dep_repress); PF01475(FUR); PF00196(GerE); PF00392(GntR); PF00046(Homeobox); PF00447(HSF_DNA-bind); PF00126(HTH_1); PF04967(HTH_10); PF01022(HTH_5); PF01418(HTH_6); PF02796(HTH_7); PF00165(HTH_AraC); PF03811(Ins_element1); PF00356(LacI); PF01726(LexA_DNA_bind); PF01047(MarR); PF00376(MerR); PF05043(Mga); PF03962(Mnd1); PF02316(Mu_DNA_bind); PF03551(PadR); PF00292(PAX); PF03965(Pencillinase_R); PF00157(Pou); PF03288(Pox_D5); PF01051(Rep_3); PF04796(RepA_C); PF02257(RFX_DNA_binding); PF05158(RNA_pol_Rpc34); PF03428(RP-C); PF02334(RTP); PF04963(Sigma54_CBD); PF04552(Sigma54_DBD); PF04539(Sigma70_r3); PF02002(TFIIE_alpha); PF01710(Transposase_14); PF01498(Transposase_5); PF01527(Transposase_8); PF03221(Transposase_Tc5); PF01371(Trp_repressor); PF02082(Rrf2); PF04297(UPF0122); PF02295(z-alpha); PF05225(HTH_psq); PF05269(Phage_CII); PF05331(DUF742); PF05339(DUF739); PF05584(Sulfolobus_pRN); PF05732(RepL); PF05920(Coprinus_mating); PF05930(Phage_AlpA); PF06056(Terminase_5); PF06163(DUF977); PF06504(RepC); PF06530(Phage_antitermQ); PF06576(DUF1133); PF06627(DUF1153); PF06970(RepA_N); PF06971(Put_DNA-bind_N); PF07022(Phage_CI_repr); PF07037(DUF1323); PF07042(TrfA); PF07106(TBPIP); PF07278(DUF1441); PF07374(DUF1492); PF07381(DUF1495); PF07453(NUMOD1); PF07544(CSE2); PF07638(Sigma70_ECF); PF07750(GcrA); PF07825(Exc); PF07848(PaaX); PF07900(DUF1670); PF08100(Dimerisation); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro entry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alignment |
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The seed alignment for this family in the PANDIT database contains 6 aligned sequences: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q8PYY6_METMA/26-245 Q8PYY7_METMA/6-215 Q8TH36_METAC/30-238 Q8TH52_METAC/26-244 Q8TKL1_METAC/20-233 Q8TKL2_METAC/27-244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The full alignment for this family in the Pfam database contains 34 aligned sequences
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Species in the seed alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
List of species covered in the seed alignment. The number in brackets denotes the number of sequences taken from each organism. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Methanosarcina acetivorans (4); Methanosarcina mazei (2); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The full alignment covers 7 species. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pre-computed estimates from Markov codon substitution models (explanation) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Following are maximum-likelihood estimates and log-likelihood scores from codon models M0, M1, M2, M7 and M8, implemented in PAML v.4.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Positively selected sites - the underlined numbers denote the position in the AA sequence, while the number in brackets denote the estimated probability for having positive selection at that position. Only positions where the estimated probability for positive selection is ≥0.95 are shown. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Model M8: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Maximum-likelihood estimates and log-likelihood scores from codon models Nonsynonymous and Dual implemented in HYPHY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Annotations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Interactions | This family has 0 known interactions: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structures | This family has 0 structures: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notation: PDB_ID (PDB chain, PDB residues) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Ontologies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG Pathways - for genes coding for sequences from full alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression data (explanation) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee expression data - for genes coding for sequences from seed alignment Click here for overview of Bgee data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
none | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HumanProteinpedia expression data - for human genes coding for sequences from full alignment Click here for overview of Human Proteinpedia data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Healthy tissues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disease tissues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Human disease association | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genetic Association Database - data for human genes coding for sequences from full alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Associated diseases and disorders | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Links to OMIM - for human genes coding for sequences from full alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
New Hampshire tree
KEGG